Bereits in den frühen 90er Jahren, also kurz nach Aufnahme des ehemaligen Vorwerks in die Denkmalliste, entstanden erste Ideen und Entwürfe für die Schaffung eines Museums im Molkenhaus.

Nach dem Museumskonzept soll der Bau zum einen sich selbst als architekturhistorischer Artefakt präsentieren, des weiteren entsteht das Konzept für eine dauerhaften Ausstellung zu Geschichte und Gestalt des Vorwerkes und zu Schinkels früher Schaffensphase. Seit 2006 ist nun im Innenbereich über beide Etagen eine Ausstellung- bisher ganz bewusst auch provisorischen Charakters- zu sehen, die u.a. auch das erweiterte zukünftige Museumskonzept thematisiert.

Auch für die museale Innenausstattung gilt die gleiche Konsequenz wie für die Architektur an sich- alles rekonstruktive- hypothetische wird möglichst vernachlässigt.

Zentral hierbei ist auch das Gesamtkunstwerk erstens wieder als solches ins Bewußtsein zu rufen und durch die Ausstellung auch mögliche zukünftige denkmalpflegerische Maßnahmen außerhalb des Molkenhauses zu präsentieren. Die Aura der „ornamented farm“ soll im Idealfall wieder erlebbar werden, zumindest soll das ursprüngliche Anliegen z.B. durch Sanierungen, Rückbau und andere Möglichkeiten der schonenden Revitalisierung wieder nachvollziehbar gemacht werden.